هنگامی که گروهی از تروریست‌ها با انتشار سمی که باعث می‌شود توانایی‌های مردم از کنترل خارج شود، شهر را ویران می‌کنند، بزرگترین قهرمانان ژاپن در سراسر دنیا پخش شده تا مغز متفکر این عملیات خطرناک را پیدا کرده و مجازات کنند اما…

هزار سال پس از نابودی زمین توسط بیگانگان غول پیکر به نام گوانا ، اکنون بشر در سفینه های فضایی عظیم الجثه زندگی می کند. یکی از این سفینه های فضایی سیدونیا نام دارد که توسط وسایل برقی بزرگ تحت کنترل خلبانی شجاع به نام گاردس محافظت می شود.

استادی مرموز به نام فروشنده دارو در سراسر ژاپن سفر می‌کند و به دنبال ارواح خبیثی به نام مونونوکه برای کشتن می‌گردد. او باید شکل، حقیقت و دلیل وجود آن‌ها را کشف کند تا بتواند از شمشیر مخصوص خود برای کشتن آن‌ها استفاده کند و…