داستان فیلم در شهر خرابه واقع در آینده نزدیک ژاپن، و دربارهٔ پسری جوان به نام کویو رانکین است که پس از شیوع بیماری آنفلوانزای سگ‌سانان و تبعید این گونه جانوری به یک جزیره، به دنبال سگ خود می‌گردد...

هزار سال پس از نابودی زمین توسط بیگانگان غول پیکر به نام گوانا ، اکنون بشر در سفینه های فضایی عظیم الجثه زندگی می کند. یکی از این سفینه های فضایی سیدونیا نام دارد که توسط وسایل برقی بزرگ تحت کنترل خلبانی شجاع به نام گاردس محافظت می شود.

خانواده‌ بتمن به زمان حال بازگشته‌اند و متوجه شده‌اند که ژاپن ناپدید شده و یک جزیره‌ غول‌پیکر به نام هینوموتو اکنون در آسمان شهر گاتهام قرار دارد. در رأس این جزیره، یاکوزاها قرار دارند، گروهی از افراد دارای قدرت‌های فوق‌العاده که بدون شرافت یا انسانیت حکومت می‌کنند و به طرز مشکوکی شبیه به لیگ عدالت هستند. حال نوبت به بتمن و متحدانش رسیده است تا گاتهام را نجات دهند و…