کاگاری دختری است که کسب و کاری را در زمینه نقشه‌برداری اداره می‌کند و بر ثبت یک شهر همیشه در حال تغییر و هزارتو مانند متمرکز است. اما او به زودی با کشف اسراری تاریک با توطئه‌ای روبرو می‌شود که کل شهر را تهدید می‌کند و…

در شب کریسمس، سه بی خانمان که در خیابان های توکیو زندگی می کنند، یک نوزاد تازه متولد شده را در میان زباله ها پیدا می کنند و به دنبال والدینش می گردند.

داستان در آینده ای دور اتفاق می‌افتد. بشریت توسط هیولایی به نام گودزیلا که زمین را نابود کرده، تهدید می‌شود. بنابراین آنها تصمیم می‌گیرند که زمین را ترک کنند و به فضا مهاجرت کند. آنها به سیاره‌ای جدید مهاجرت می‌کنند، اما متوجه می‌شوند که هیولاهای دیگری نیز در این سیاره زندگی می‌کنند و تهدیدی برای زندگی آنها هستند. بشریت می‌بایست در مقابل گودزیلا و هیولاهای دیگر قرار بگیرد و در جنگی بزرگ برای بقا و آزادی مبارزه کند.